変更画面から発行されると上記のような表示がされ、コース別請求書発行画面から請求書が出てこなくなります。

請求書発行画面上部にある発行されない顧客に当てはまらない場合は集金者が登録されている可能性があります。
顧客マスタ登録画面などで確認してください。
集金者が登録されていた場合は『集金者別請求書発行』から発行することができます。

この部分を確認してください。